Las líneas institucionales, de la UA son las siguientes.
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Ciencia, Tecnología e Innovación: Esta línea tiene como objetivo fundamental generar conocimiento científico a través del desarrollo, la adaptación e innovación de nuevas tecnologías a los procesos industriales, ambientales, de comunicación e información, y de infraestructura, que permitan resolver los problemas que aquejan a nuestra economía local, regional y nacional desde una perspectiva multidisciplinaria. Esta línea abarca las ingenierías, y las ciencias empresariales. En concreto, esta línea institucional permite desarrollar las líneas prioritarias de todas las carreras profesionales adscritas a la Facultad de Ingeniería y Arquitectura y a la Facultad de Ciencias de Gestión de la UA:
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Persona, Sociedad, Empresa, y Estado: Esta línea institucional permite a la UA desarrollar proyectos acordes con los objetivos de desarrollo de nuestro país, atender problemas que aquejan a los diversos sectores de nuestra sociedad, y mejorar el bienestar de la comunidad local, regional y nacional con una perspectiva multidisciplinaria. Esta línea cubre las ciencias sociales (Psicología, Derecho, y Negocios). Es decir, esta línea institucional permite desarrollar las líneas prioritarias de todas las carreras profesionales que se imparten en la Facultad de Humanidades y de la Facultad de Ciencias de la Gestión de la UA.
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Hábitat y Diseño: Esta línea de investigación institucional engloba las líneas de investigación prioritarias de Arquitectura, Ingeniería Ambiental y Contabilidad. Esta línea permite integrar investigaciones relacionadas con el diseño tanto urbanístico como arquitectónico-constructivo, con el objetivo de alcanzar un adecuado equilibrio entre dichos diseños y el entorno y culturas locales, respetando el ambiente y conservando el patrimonio Arquitectónico y urbano. Asimismo, promueve la gestión en el manejo de tratamientos de agua, suelo y aire. Finalmente, esta línea fomenta el desarrollo de la contabilidad ambiental.